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函授本科叫“严进宽出”，学生只有通过国家统一的成人高考，才能入学就读。函授考试科目少，难度小。自考本科叫“宽进严出”，没有入学考试，通过所有专业课程即可申请毕业。
招生对象不同：自考只有考籍，没有学籍，所以专科在读人员、在职从业人员都可以报考自考本科。函授主要招收在职从业人员，报考函授高起专、本科的考生必须具有高中毕业文化程度，报考函授专升本的考生必须是具有审定核准的国民教育系列高等学校、高等教育自学考试机构颁发的专科毕业证书或以上证书的人员。
学习方式不同：函授与自考多数都是自学，但也有一定的差异。函授是成人高考的一种学习方式，需要通过成人高考被录取后才可以，入学后的教学教务由高校安排而自考是通过自考学习大学课程，无需参加入学考试。
学习年限不同：自考本科能在一年半到两年左右，函授本科是最少要两年半才能毕业，函授本科相对来讲时间要长一点。
不论是函授本科还是自考本科，都是由国家提供的提升学历的途径，它们的学历认可度是相等的，都可以在学信网上查询到。这些学历都可以用于报考资格证书、研究生入学考试以及公务员考试等。相较于成人高考，自考的考试形式较为困难，因此在社会上的认可度稍高一些。但是成人高考由于其考试形式的特点，使得学习和考试更加简单轻松，毕业的成功率也更为稳定。因此，根据个人的需求选择适合自己的学习方式即可。